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理化学試験係
●食品化学試験…保存料などの食品添加物、野菜や果実中の残留農薬などの検査を行い、食品の安全性を調べます。
●水質化学試験…井戸等の飲料水や、プール水・浴槽水の化学検査を行います。
●家庭用品の試験…衣類に付いたホルムアルデヒドなどの検査を行い、安全性を調べます。

微生物検査係
●感染症検査…赤痢、チフス、腸管出血性大腸菌、コレラ、レジオネラ属菌、インフルエンザ等の病原体診断として細菌やウイルスなどの検査を行います。　
●食中毒検査…ビブリオ、サルモネラ、黄色ブドウ球菌、カンピロバクター、ノロウイルス等の食中毒の原因になる微生物検査を行います。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
●食品検査…長崎市内で製造販売されている食品等について食中毒を未然防止するために微生物検査を行います。　
●水質検査…飲料水、浴槽水、プール水等について衛生管理のための細菌検査を行います。