水産農林部

・部の統括に関すること。
・部の所管に係る予算の経理に関すること。
・地産地消に関すること。
・体験の森、長崎ペンギン水族館、植木センター、高島ふれあい海岸、伊王島海水浴場交流施設、野母崎高浜海岸交流施設及び道の駅夕陽が丘そとめに関すること。
・一般財団法人長崎市地産地消振興公社との連絡調整に関すること。
・部内事務の連絡調整に関すること。

振興係
・水産業の振興に関すること。
・水産振興事業の基本計画の策定に関すること。
・水産施設の設置と改良に関すること。
・水産振興計画審議会に関すること。

水産センター
・水産動植物の種苗の生産と供給に関すること。
・水産動植物の増殖と養殖に係る技術開発、調査と分析に関すること。
・漁業者の漁業技術の指導に関すること。

企画農政係
・認定農業者と新規就農者の育成、企業参入の推進、農業振興地域の見直しに関する業務を行います。

営農指導係
・農業と畜産業の支援（補助、融資等）、有害鳥獣対策に関する業務を行います。

林務係
・森林の多面的機能を発揮させるため適切な森林施業の基本的方針、目標を定めます。また、各種造林事業や緑の募金事業による緑化整備事業の促進を行います。

農業センター
・農業へルパー研修会の開催、無料職業紹介事業、農作業体験学習、市民農園の運営に関する業務を行います。

水産整備係
・漁港施設の整備や維持管理に関すること。
・漁船やプレジャーボートの漁港施設の利用に関すること。
・漁港施設の使用・占用の許可に関すること。

農林整備係
・農林道及びため池の整備や維持管理に関すること。
・農林道の使用・占用の許可に関すること。