総務係
・教育委員会の庶務…教育委員会の会議を開いたり、教育委員会の規則等の制定改廃を行っています。
・表彰・儀式…教育委員会表彰など表彰・儀式に関することを行っています。
・奨学金…大学生・高校生等に対して長崎市奨学金を貸与しています。
職員係
・組織・職員の人事管理等…教育委員会の組織や職員(教職員を除く。)の人事・給与に関することを行っています。
経理係
・予算・経理…市立の小中学校、高校などの予算経理を行っています。
助成係
・各種援助・補助…小中学校などの就学・活動に係る補助や援助を行っています。